Setelah itu, Heru Nerly pindah ke PSN Ngada, Persija Jakarta, PSM Makassar, Semen Padang, sebelum pensiun di Mitra Kukar pada 2014.
Dia meraih satu gelar Liga Super Indonesia pada 2008/2009 bareng Persipura. Heru Nerly sempat juga bermain tiga kali untuk Timnas Indonesia di era Benny Dollo pada 2008. (Zaki/fajar)