Peran LP Ma'arif NU itu, kata pegiat LP Ma'arif NU Jatim, Sunan Fanani, cukup panjang dengan pasang surut perjuangan dalam mengabdi untuk ikut mencerdaskan bangsa dan "merobek" kebodohan bangsa.
Artinya, sudah 94 tahun LP Maarif NU mengabdi untuk membangun akar insan yang cerdas, berjiwa tangguh serta berlandaskan agama bagi bangsa ini, melalui jalur pendidikan swasta yang mewadahi ribuan sekolah dan madrasah yang tersebar di seluruh Tanah Air.
Fungsi pendidikan itu mengemban perjuangan Nahdlatul Ulama dalam menjaga tradisi keagamaan melalui kaidah Al mukhafadlatu ‘ala qadimis al-shalih wa al-akhdzu bi al jadid al aslah (memelihara khazanah lama yang baik dan mengambil pembaharuan yang lebih baik).
LP Maarif NU memiliki tugas yang sangat berat dalam mewujudkan idealitas fungsi pendidikan NU, yakni menjamin pendidikan yang mengolaborasikan moralitas agama yang dibungkus ahlusunnah wal jamaah an Nahdliyah dan membentuk manusia yang pembelajar yang up to date (fi kulli zaman wa makan).
Apa yang dilakukan LP Ma'arif NU itu dinilai Guru Besar ITS Surabaya Prof. Dr. Mahmud Mustain sebagai embrio sinergi iman dan logika (akal) yang menjadi daya tarik tersendiri bagi saintis-saintis dunia.
Iman berfungsi membatasi keserakahan untuk menguasai sesama, sedangkan akal berfungsi merealisasi perjalanan revolosi saintifik. Sinergi Iman dan logika adalah suatu hal yang sangat besar dan tidak mudah, tetapi ada peluang untuk membuat rintisan ke arah sana.
Lembaga-lembaga pendidikan dan penelitian yang berbasis agama, pondok pesantren, madrasah, dan PT berbasis agama, menjadi pusat sumber daya yang bisa mewakili basis iman, sedangkan lembaga-lembaga pendidikan dan penelitian yang selama ini ada menjadi perwakilan dari basis logika.