Kariernya melejit setelah menjabat sebagai Wakil Komandan Detasemen Penanggulangan Teror di Komando Pasukan Khusus pada tahun 1983. Ia digambarkan sebagai seorang komandan nasionalis sayap kanan
Pada 1996, Prabowo diangkat sebagai sebagai Komandan Jenderal pada korps tersebut. Saat menjabat, ia memimpin operasi pembebasan sandera di Mapenduma.
Ketika Presiden Soeharto, ayah mertuanya, dilengserkan pada bulan Mei 1998, Prabowo sedang menjabat sebagai Panglima Komando Cadangan Strategis.
Pada 1998, ia diberhentikan secara tidak hormat dari militer dan kemudian dilarang memasuki Amerika Serikat karena diduga melakukan pelanggaran hak asasi manusia.
Setelah diberhentikan dari dinas militer, Prabowo menghabiskan waktu di Yordania dan di beberapa negara Eropa.
Sekembalinya ke Indonesia, ia menekuni dunia bisnis, mengikuti jejak adiknya Hashim Djojohadikusumo yang merupakan seorang konglomerat.
Bisnis Prabowo meliputi sedikitnya 27 perusahaan yang bergerak pada sektor-sektor yang berbeda.
Pada 2008, ia mendirikan Partai Gerakan Indonesia Raya (Gerindra). Selain itu, ia juga pernah aktif sebagai ketua di Himpunan Kerukunan Tani Indonesia.
Di bidang olahraga, Prabowo aktif di Ikatan Pencak Silat Indonesia dan Persekutuan Pencak Silat Antarabangsa.
Pada 2009, ia maju di pilpres 2009 sebagai calon wakil presiden dari Megawati Soekarnoputri, namun akhirnya dikalahkan oleh presiden petahana, Susilo Bambang Yudhoyono.
Sebagai Ketua Umum Partai Gerindra, Prabowo Subianto bersama Hatta Rajasa kembali maju sebagai calon Presiden Indonesia ke-7 dalam pemilihan umum 2014,namun diungguli oleh Gubernur Jakarta, Joko Widodo (Jokowi) dan wakilnya, Jusuf Kalla.
