Di Organisasi Muhammadiyah Abdul, Mu'ti tercatat sebagai anggota sejak tahun 1994 dengan nomor anggota 750178. Ia pernah menjabat sebagai Sekretaris Pimpinan WIlayah Muhammadiyah Jawa Tengah periode 2000-2002.
Kemudian pada periode 2002-2006 menjabat sebagai Ketua Umum PP Pemuda Muhammadiyah. Ketika itu ia juga merangkap menjadi Sekretaris Majelis Dikdasmen PP Muhammadiyah 2005-2010.
Abdul Mu'ti pernah menjadi bagian dari anggota Dewan Indonesia dan Amerika Serikat pada Agama dan Pluralisme, dan masyarakat eksekutif Konferensi Asia Agama untuk Perdamaian.
Sebagai aktivis Muhammadiyah yang tergolong moderat dan toleran ia merupakan seorang wakil sekretaris Agama Kontra Terorisme dan sekretaris Dewan Nasional Intelektual Muslim Indonesia. Nama Abdul Mu'ti diumumkan masuk ke dalam 200 daftar mubalig "Mubalig Indonesia" yang direkomendasikan Kementerian Agama pada Jumat 18 Mei 2018.
Pada bulan Desember tahun 2020, Ia menolak jabatan sebagai sebagai wakil menteri pendidikan dan kebudayaan dengan alasan tidak ingin bergabung dalam Kabinet Indonesia Maju dalam jabatan wakil menteri.
Di kancah internasional Abdul Mu'ti merupakan salah satu Advisor di British Council London sejak 2006. Ia juga aktif menulis buku dan berbagai opini di media. Ia juga dikukuhkan sebagai Guru Besar Bidang Pendidikan Agama Islam di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Pengukuhan guru besar ke-1.050 tersebut dilaksanakan pada 2 September 2020. (Ikbal/fajar)
