Sedangkan di bidang cukai salah satu upaya Bea Cukai yaitu memberikan fasilitas berupa relaksasi SE-04/BC/2020 tentang Pembebasan cukai etil alkohol dalam rangka pencegahan penyebaran Covid 19, SE-05/BC/2020 tentang Pengawasan dan pelayanan di bidang cukai dalam masa tanggap darurat akibat wabah Covid-19, dan PMK-30/PMK.04/2020 tentang Penundaan pembayaran cukai untuk pengusaha yang melaksanakan pelunasan dengan cara peletakan pita cukai.
Tidak hanya itu, Bea Cukai Makassar tentunya juga memberikan fleksibilitas dalam penyerahan lembar asli Surat Keterangan Asal (SKA) Form E sesuai dengan Surat Edaran Direktur Jenderal Bea dan Cukai nomor SE-02/BC/2020 tentang Pedoman Penelitian Importasi Barang yang Berasal dari China dengan menggunakan SKema Tarif Preferensi ACFTA (SKA Form E) sebagai dampak Epidemik Virus Corona (COVID-19) diberlakukan fleksibelitas penyerahan lembar asli SKA Form E.
Selain itu Direktorat Jenderal Bea Cukai memperbaharui tata cara registrasi kepabenanan terkait manifes kedatangan dan keberangkatan sarana pengangkut. Pembaharuan ini menggunakan sistem bernama national logistic ecosystem (NLE) dan penyediaan pelayanan pengiriman pesanan secara daring. Hal ini diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan (PMK) Nomor 97/PMK.04/2020 tentang Perubahan Atas PMK Nomor 158/PMK.04/2017 tentang Tatalaksana Penyerahan Pemberitahuan Rencana Kedatangan Sarana Pengangkut, Manifes Kedatangan Sarana Pengangkut dan Manifes Keberangkatan Sarana Pengangkut.
Beleid ini mulai berlaku pada 28 Agustus 2020, National Logistic Ecosystem atau NLE diharapkan dapat memperbaiki pendataan keluar dan masuk angkutan logistik di kawasan pabean.
