Setelah dikeluarkan dari sekolah, pada tahun 1983, Susi memulai usaha sebagai pengepul ikan di Pangandaran.
Ia nekat menjual perhiasannya dan mengumpulkan uang sebesar Rp 750.000 untuk modal usahanya. Usahannya terus berkembang dan maju.
Pada tahun 1996, Susi mendirikan pabrik pengolahan ikan PT ASI Pudjiastuti Marine Product dengan produk unggulannya yaitu lobster yang diberi merk “Susi Brand”.
Usahanya yang semakin maju dan meluas hingga ke pasar Asia dan Amerika, Susi memutuskan untuk membeli pesawat Cessna Caravan seharga 20 miliar pada tahun 2004. Uang yang digunakan untuk membeli Cessna Caravan yaitu uang pinjaman dari bank.
Pesawat tersebut digunakan untuk untuk mengangkut lobster dan ikan segar dari nelayan Indonesia ke pasar Jakarta dan Jepang.
Dia lalu mendirikan Susi Air. Awalnya Susi Air hanya didirikan untuk mengantarkan muatan perikanan PT ASI Pudjiastuti, namun kini Susi Air beroperasi di 5 pangkalan. Lima pangkalan tersebut yaitu Medan, Kendari, Cilacap, Pangandaran dan Bandung, Balikpapan, dan Jayapura.
Pada 26 Oktober 2014, Susi dipilih Jokowi-Jusuf Kalla sebagai Menteri Kelautan dan Perikanan secara resmi dalam Kabinet Kerja.
Sebelum dilantik, Susi rela melepaskan semua jabatan di perusahaannya. Alasan Susi melepas semua jabatannya yaitu agar dapat bekerja maksimal dalam menjalankan kepemerintahan dan untuk menghindari konflik antara kepentingan dirinya sebagai menteri dengan pemimpin usaha.
Susi Pudjiastuti langsung tancap gas dan menggebrak diawal pengabdiannya. Dia menjadi sorotan dengan berbagai kebijakan yang sangat berani.
